1のほうは、磁石で捕まえるというポケットモンスターと同じ方式を取っており、棒磁石、U磁石、電磁石と続いて捕獲成功率が上がっていく。得たロボポンはパートナーとして同行させたり、主人公の会社で派遣を行ったり、売却したりすることができる。なお、続編では以下のような方法でロボポンなどを入手する。
ロボポンガーデニング
64版で採用された手法。植物と同様に、ロボポンやソフトの元となる「シード」を土に埋めて育てて手に入れる。当然植物と同様に環境に配慮を行わないと、何者かに実を食べられることがある。
スパーク
GBA版で採用された手法。種類の異なる２つの電池を組み合わせてロボポンを生み出す。「2」では野生のロボポンを捕獲する事が出来ないので、手に入れるにはこの方法を使う以外に手段はない
プレイヤー同士が持ち寄った4本の電池を使った「通信スパーク」も存在し、この方法でしか入手できないロボポンもいる。
育成
バトロボ後に、戦闘に参加したロボポンに経験値が与えられる。経験値をあげることでレベルが上がる。また、経験値とともに貰える「エネだま」を一定量ためることによって、研究所で進化させることが出来るものもいる。進化すると、ステータスが上がる他、種族が変わったりする場合がある。
ロボポンに搭載されているCPUは、研究所で購入する事により性能を上げる事が可能。
ステータス・装備
ロボポンは武器パーツとソフトと呼ばれるアイテムを装備することができる。
ソフトとは、バトラー（詳細は後述）で属性攻撃（又は回復技）を行うために必要な装備で、ソフトにはレベルが設定されている。レベル数は、そのソフトをレベル数分装備しているのと同じである。また、装備しているソフトの「属性の組み合わせ」により、強化技や特殊な技を使うこともできる（例：「ファイア」+「ファイア」→「ナパーム」、「ファイア」+「アクア」→「スチーム」等。3つ以上の組み合わせもある）。なお、基本的に威力は低いが、エネルギーを消費しない通常攻撃もある。
ロボポンには3つの種族が存在し、攻撃が得意でソフトを交換できる『アーム族』、素早さが高くこちらもソフトを交換できる『ムーブ族』、防御力が高いが武器パーツとソフトが交換できない『ブート族』に分けられる。
攻撃力や防御力、体重などあらゆるパラメータは、以下のバトルジェネシス5に大きくかかわっている。
戦闘
「バトルジェネシス5」と呼ばれる5つの戦闘方式があり、どれで戦うかによって戦闘方法は以下のように変わる。なお、常に1対1である。
バトラー
ロボポンに設定した技やアイテムなどのコマンドを選択して戦う方式のバトル。相手の所有しているロボポン（最大4体）を戦闘不能にすることが勝利条件。他の育成RPGのコマンドによる戦闘と同じである。
フィールド上でのエンカウントによる戦闘もこの方法で行う。
ジャンパー
1対1でスキージャンプ台から飛んだ飛距離で競う。
スピードが速く軽いロボポン、特にムーブ族のロボポンに有利な戦闘方法。また、滑空中はボタン連打で滞空時間を延ばせる。
シールダー
複数あるパネルを互いにめくりあい、パネルに書かれた効果（ダメージや回復など）をロボポンに与え続ける耐久戦。当然体力の高いロボポンが有利であるが、プレイヤー自身の運も勝利要素に含まれる。
パンチャー
パンチングマシーンによる攻撃威力を競う。
画面上には威力を示すランダムな数値が表示され、ボタンを押すことで数値を決める。攻撃力の高いロボポンが有利。
スピーダー
すばやく迷路を脱出させることが目的。ロボポンの行動はコンピュータ操作の判断によるため、プレイヤーは干渉できない。
スピードが速く、CPU性能の高いロボポンが有利。
連動機能
ゲームソフトにはボタン電池式の内蔵時計とスピーカーが内蔵されており、時間帯や経過時間によってイベントが発生したりすると、スピーカーで知らせる。
また、家庭用のリモコンを使うことで、ロボポンに何らかの変化を与えるIRシステムを搭載している。NINTENDO64の64GBパックを使うことで、64版と連動させることもできる。
ロボットポンコッツ64 〜七つの海のカラメル〜
1999年12月24日にNINTENDO64用ソフトとして発売。
伝説のロボポン「カラメル」のパーツを探しに、海上を船で移動し、7つの海を渡るというストーリー。本作では、アーム族をさらに細分化したタイプが存在し、それに応じた装備をする必要がある。システムも独自のものになっており、パラメータ育成については主人公の乗る船内にあるトレーニングルームを使用するか、敵との戦闘で増加させることができる。64GBパックを使用することができ、GB版１作目と一部のロボポンのやり取り・対戦することが、それ以外のゲームボーイ用のソフトからは、ロボポン達の食べ物を作り出す事が可能。
主人公及び船員のグループは2種類あるが、特にストーリーに違いはない。戦闘はバトラーのみであるが、3Dのフィールドを使用したものでロボポンを動かすことが可能。攻撃対象の向きによってダメージ量がある程度変化する。エネだまはバトル中にフィールド内に投下され、摂取するとHPの増減などが起こるようになっている。
ロボットポンコッツ2
この節は執筆中です。加筆、訂正して下さる協力者を求めています。
2001年9月13日に発売された、ゲームボーイアドバンス用ソフト。リングバージョンとクロスバージョンの2種類ある。
戦闘方法の一つである「バトラー」が4on4（4対4）の同時戦闘形式に変更。他にも、さまざまな点で変更、追加点がある。
一作目との主なシステムの違いを述べると
チャリティー ギアチェ ハンドカ ブートニア あらいそ ソフロニ 潮風の迷子 さらべつ マーキ キャンディ ジェット シャドウ ギガビット 花御所 クロサス インス 氷の炎 ブラフ バーター オサォー ヤッケ テール ファウスト サマー シンジュ ユーディ リニア サーチワキ ケース かしど トロンビン シービー ヨモギ サーチャ ビブラ オータム ギニア ダイス フリー プレカリ ノンポリ テトロン マハー あぜみち しゃりき マッスル プロビジ ビュライト ロードシ カの風
基本システムの変更
ロボポンに「とくこう（特殊攻撃）」「とくぼう（特殊防御）」のステータス追加
ブート族の細分化（マテリアル、ヒューマン、アニマル、モンスターの4種類）
エネだま進化の廃止（代わりに一定レベルになったときに研究所に行けば進化させてもらえる）
捕獲の廃止（代わりに一部を除き、上述の電池スパークで誕生する。電池は拾うかガシャポンを使って得る）
ロボポンタワーのシステムの変更（一作目ではお金を払うごとに大きくなっていたが、今作ではロボポンを預けるごとに大きくなっている）
時計およびそれに連動したシステムの廃止（アドバンスのカセットによるもの）
ロボポンのCPUの廃止
前作の合体技のほとんどが削除
ミニゲームでの変化
ジャンパーの操作方法、試合形式の変更
スピーダーの廃止、シールダーはアミダーに変更
パンチャーのグラフィックの表示変更
漫画版について
コミックボンボンで原作「下田淳」、作画「タモリはタル」による漫画版も連載されたが、登場させるロボポンに独自のアレンジを加えており、オリジナルの設定、ストーリーも追加している（同誌で限定発売された「ボンボンバージョン」で何体かのロボポンが氏のタッチ風グラフィックにアレンジされた。また、GBA版の2でも一部、タモリがデザインしたものがある）。ストーリーの展開については王道的な少年漫画となっている。
また、児童漫画雑誌連載であるにもかかわらず、登場する女性キャラクターがことごとく巨乳であり、連載が進行するにつれてそのサイズが超乳化していった（乳首も現実では有り得ないサイズである）。最終的には直径数十センチの巨大な球体が胸にぶら下がっているとしか言いようがないシロモノと化し、当時のボンボン読者と一部のマニアに絶大なインパクトを残した。